15 липня 2006 року за ініціативою тренерів школи «Атлет» було прийнято рішення про створення Футбольного клубу «Атлет». Першим президентом було обрано – Мухіна Ігоря Миколайовича, а в січні 2007 року на посаду президента був обраний – Старовойт Олександр Сергійович, який і очолює клуб до сьогоднішнього часу.
Основною метою створення клубу вбачалось в можливості надання випускникам ДЮСШ «Атлет» продовжувати вдосконалювати свою професійну майстерність та займатися улюбленою справою і надалі після завершення спортивної школи.

За період функціонування футбольного клубу «Атлет» – команда дорослих вийшла з першої ліги першості до вищої ліги. Являється одним з лідерів київського футболу.
Літопис досягнень нашого клубу:
2006 р. -  2-е місце в першості м.Києва (перша ліга). В стикових матчах за право виходу до вищої ліги наша команда не змогла здолати ФК “Артіст” двічі зігравши в нічию 1-1 (вдома) та 0-0 (на виїзді).

2007 р. - 1-е місце в першості м.Києва (перша ліга), фіналіст Кубку м.Києва

2008 р. - 2-е місце в чемпіонаті м.Києва (вища ліга), перший володар Кубку В.Мунтяна

2009 р. - 4-е місце в чемпіонаті м.Києва (вища ліга)

2010 р. – 4-е місце в чемпіонаті м.Києва (вища ліга), володар Кубку В.Мунтяна

2011 р. – 3-є місце в чемпіонаті м.Києва (вища ліга), володар Кубку В.Мунтяна

2012 р. - 10-е місце та перехід до першої ліги м.Києва

2013 р. – 2-е місце в першості м.Києва (перша ліга) та повернення до вищої ліги м.Києва

2014 р. – 3-е місце в чемпіонаті м.Києва

2015 р. – 4-е місце в чемпіонаті м.Києва

2016 р.- 4-е місце в чемпіонаті м.Києва, півфіналіст Кубку м.Києва

2017 р.  – 4-е місце в чемпіонаті м.Києва (скорочений)

2017/2018 р. – 2-е місце в чемпіонаті м.Києва, півфіналіст Кубку м.Києва

2018/2019 р. – 2-е місце в чемпіонаті м.Києва, півфіналіст Кубку м.Києва, учасник Кубку України серед аматорів (попередній етап)

2019/2020 р. – учасник чемпіонату України  серед аматорських команд