15 липня 2006 року за ініціативою тренерів школи «Атлет» було прийнято рішення про створення Футбольного клубу «Атлет». Першим президентом було обрано – Мухіна Ігоря Миколайовича, а в січні 2007 року на посаду президента був обраний – Старовойт Олександр Сергійович, який і очолює клуб до сьогоднішнього часу.
Основною метою створення клубу вбачалось в можливості надання випускникам ДЮСШ «Атлет» продовжувати вдосконалювати свою професійну майстерність та займатися улюбленою справою і надалі після завершення спортивної школи.

За період функціонування Футбольного клубу «Атлет» – команда дорослих вийшла з Першої ліги Першості м. Києва до Вищої ліги . В Першості м. Києва (Вища ліга) ФК «Атлет» входить до пятірки кращих команд м. Києва. Найкращим досягеннням є завоювання бронзових (2011 рік) та срібних медалей (2008 рік), фіналіст Кубку м. Києва (2007 рік), володар Кубку В. Мунтяна (2008,2010,2011).