Історія розвитку дитячого футболу у школі сягає у далекі 70-ті роки. У 1970 році відбулося об’єднання дитячо-юнацьких команд МІСЬКВНО-2 та двох дорослих команд Колективу фізичної культури “Київського м’ясокомбінату”, що у Дарницькому районі м. Києва. Це об`єднання і дало назву клубу – “Дружба”. Клуб очолили: від МІСЬКВНО-2 – тренер А.П. Камзолов, від колективу фізкультури інструктор – М.Н. Скорий.

У 1977 році для клубу “Дружба” збудовано спорткомплекс з ігровим залом 36 х 18 та футбольне поле з зеленим газоном.

Приблизно з середини 80-х років починається активний розвиток школи, її інфраструктури, кадрового складу та чисельності її учнів. У 1986 році директором спорткомплексу Васькевичем В.І. були запрошені у колектив спорткомплексу на посади тренерів з футболу колишні вихованці школи Філенко Е.В. та Нахабов С.В., котрі активно приєднуються до поставленої мети – здобуди школі високий авторитет не тільки в Києві, але і у всьому українському футболі. Вже у 1988 році клуб “Дружба” виставляє на першості Києва команди у всіх вікових групах і вже відтоді є незмінним учасником всіх міських змагань і інших авторитетних турнірів для дітей різного віку.

14 квітня 2003 року наказом Головного управління по фізичній культурі та спорту за №352 клуб “Дружба” об’єднується з школою “Атлет”, утворивши єдину структуру – Спортивну дитячо-юнацьку школу олімпійського резерву “Атлет”. У цьому ж році СДЮШОР “Атлет” передаються спортивні комплекси по вул. Тростянецька, 60 та по вул. Зрошувальна, 4-А. Це дає змогу залучити до школи велику кількість нових учнів, що люблять футбол і прагнуть навчитися азам спражньої майстерності цієї чудової гри.

15 липня 2006 року за ініціативою тренерів школи «Атлет» було прийнято рішення про створення Футбольного клубу «Атлет». Основною метою створення клубу вбачалось в можливості надання випускникам  Дитячо-юнацької спортивної школи «Атлет» продовжувати вдосконалювати свою професійну майстерність.

З 2007 року команди ДЮСШ “Атлет”  старших вікових груп беруть участь в чемпіонаті України ДЮФЛ